像WINDOWS系统经常受各种病毒的侵扰而死机一样，IOS的系统缺陷也会致使路由器瘫痪，比如：红色代码就曾使某些着名品牌的路由器重启。IOS也有安全上的缺陷，如果不及时升级，不怀好意的人会把你的路由器作为他攻击目标。随着路由器的发展，现在有的路由器有自动防御攻击的功能，比如：抵御DOS攻击，防止密码猜测等。

IOS的系统缺陷一般不是通过补丁程序来修补，而是替换为全新的IOS。一旦发现系统BUG，路由器厂商会及时在网站上公布BUG、受影响的系统和相应的新的IOS软件，您必须选择适合你的路由器型号的版本。

思科公司曾称，他们将使用“零故障”的高端路由器软件，它能够消除由电路或人为因素造成的数据或信息丢失故障，即使有错误发生，数据包仍然能够转发下去，从而能够预防网络出现故障，这样就会减少网管的负担。