造成病毒无法清除的原因是多种多样的，这里我们仅列出用户经常会遇到的一些情况。
1)病毒存在于带有密码的压缩包中
KV2008够清除包括ZIP、RAR、CAB和LZH在内的多种压缩包中的病毒，但是当压缩包被设置密码后，KV2008将无法直接清除其中的病毒。解决的方法是将压缩包解压后再清除病毒。
2)病毒存在于\WINDOWS\system32文件夹内
病毒存在于\WINDOWS\system32文件夹内，且已经感染了正在运行的系统文件而导致不能清除。解决的方法是在安全模式下运行KV2008来清除病毒，或者使用KV2008的BOOTSCAN功能来清除病毒。
3) 病毒存在于\WINDOWS\system32\Restore文件夹内
Restore 文件夹内存储的是Windows Me，Windows XP等版本的操作系统的系统还原文件，不能被修改，因而不能清除这里的病毒。解决的方法如下：右键单击“我的电脑”，在弹出的快捷菜单中选择“属性”菜单，在弹出的“系统属性”对话框中单击“系统还原”标签，在“在所有驱动器上关闭系统还原”前打√，单击【确定】按钮，去掉系统还原后即可清除病毒。
4)病毒存在于\documents and settings\%user%\local settings\temp文件夹内
在这种情况下，用户不必担心，因为该文件夹下的病毒已被KV2008设定为禁用，在下次重新启动计算机后即会被自动清除。用户也可以先关闭KV2008的“实时监控”功能，然后再手动清除该病毒。