FAT16：DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统，现在常用的Windows 98/2000/XP等系统均支持FAT16文件系统。它最大可以管理大到2GB的分区，但每个分区最多只能有65525个簇（簇是磁盘空间的配置单位）。随着硬盘或分区容量的增大，每个簇所占的空间将越来越大，从而导致硬盘空间的浪费。

FAT32：它是FAT16的增强版本，可以支持大到2TB（2048G）的分区。FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间。

NTFS：它是为采用微软Windows NT内核的系列操作系统所支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。NTFS也是以簇为单位来存储数据文件，但NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小。簇尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能。NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。

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