分色胶片扫描时，经常会遇到因为分色胶片粘贴不平齐，JPS显示器显示“One or more images were not scanned correctly”的错误提示信息。检查工作日志，发现“Rotation angle is too large”的提示。出现这种情况要重新粘贴分色胶片。

扫描不带对位标记的分色胶片时，需要调整JPS。打开Seps对话框，Registration项通常状态为“Registration marks”，将其设定为“None”，再将分色胶片粘贴在定位片基上，用数字化仪按通常的方法定位、扫描，扫描结束后，在预视中常可发现分色胶片并没有套叠在一起。进入修脏软件PERfection，打开它，以黑为基准，利用其移动工具将其他几色平移套叠在一起，即可解决问题。有时虽然分色胶片带有对位标记，但反复粘贴多次，扫描仪都不能正常扫描。这种情况，有时也可用上述方法解决。

另外，色序错误也是经常遇到的问题。遇到这种情况时，只有重新扫描。广告部送来的胶片可分3种：①分色胶片上带有色标、梯尺并附打印彩样；②分色胶片上带有色标梯尺，但无打印彩样；③分色胶片上既无色标梯尺和颜色提示，也无打印彩样。而常用的分色标尺也有两种：一种是开头3个色块为Y、M、C的色标梯尺；另一种是开头3个色块为C、M、Y的色标梯尺。若是第一种胶片，对照打印彩样和分色梯尺的第一个色块，就不难准确判定分色胶片的色序；第二种胶片，经常是YMC与CMY三色的相互颠倒；至于第三种分色胶片，遇到的几率较低，如若碰到，就要靠操作员准确判断各色了。判断方法有两种，一是看网角，二是通过对常见事物色彩的把握，比如人脸（Y+M）、蓝天(M+C）、绿叶（Y+C）等。