企业肯定会有自己特殊的运作模式，HR部门也会有独特的业务流程，并且随着时间的变化，企业的运作模式、业务流程等都有可能不断变化，因此，人力资源管理系统要充分发挥作用，真正起到提升企业人力资源管理的效率的目的，其本身必须能适应企业的不同企业的这种特性。这就要求人力资源管理系统具备足够的灵活性，具体来讲就是系统要能够具备强大的自定义功能和自定义工具：自定义HR运营模式，自定义HR业务流程，自定义管理、分析报表，自定义信息发布模式，强大的查询、统计功能。