其实 NTFS 有较佳安全性，磁碟压缩强和支援较大的磁碟机至 2TB 外， 对原用於 Windows ME 或之前的版本并不兼容 (不能读取 NTFS 格式)， 一经使用 NTFS 格式後如要改回 FAT32 格式便要删除 Partition 或用
Partition Magic 之类软件去更改，要保留原档案资料便要花很大功夫， 系统及应用软件更加全部要重新安装，不过使用NTFS格式有较多地使用空间，也有较佳的稳定性，加上微软以逐渐的扬弃FT32格式，因此建议使用 NTFS格式。